工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪團(tuán)伙時(shí)不幸被團(tuán)伙成員發(fā)現(xiàn)，擊暈后喂了神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了經(jīng)常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間諜武器。為了防止犯罪團(tuán)伙對(duì)